Wieś Biskupice znajdowała się wśród wsi przekazanych 22 lipca 1251 r. przez biskupa Heidenryka, kanonikom kapituły chełmżyńskiej. Pierwszą informację o istniejącej tu placówce duszpasterskiej spotykamy w dokumentach z 1338 r. Parafia należała do dekanatu chełmżyńskiego. W 1773 r. przyłączono do parafii jako filialny, dawny kościół parafialny w Przecznie. Taka sytuacja trwała do 1979 r., gdy przywrócono samodzielność parafii Przeczno.
Kościół wzmiankowany w 1338 r. był drewniany. W 1670 roku określany był jako bliski upadku. Obecny kościół z kamienia zbudowano w dwu fazach: w latach 1759-1764 (nawa i wieża) oraz w 1789 r. (dobudowano prezbiterium). Kościół jest jednonawowy, z trójbocznie zamkniętym prezbiterium i kwadratową wieżą od zach. zwieńczoną kopułą. Wnętrze nakryte sklepieniem kolebkowym. Najstarszym, zabytkowym elementem kościoła jest gotycka, granitowa kropielnica ustawiona przy wejściu głównym do świątyni na trzonie stanowiącym pierwotnie fragment gotyckiego XIV-wiecznego portalu, pochodzącego prawdopodobnie z katedry chełmżyńskiej. Ołtarz główny pochodzi z I poł. XIX wieku. Na ołtarzu ustawione są rzeźby św. Rocha i św. Wojciecha pochodzące z I poł XVIII w.
Obraz św. Marii Magdaleny pochodzi z I poł. XIX w. W prezbiterium znajdują się polichromie przedstawiające Ukrzyżowanie (na stropie), Zesłanie Ducha Świętego (na której uwieczniony został ówczesny proboszcz parafii – ks. Feliks Lisiński) oraz Ostatnią Wieczerzę (na ścianach). Malowidła pochodzą z II poł. XIX w. W 1968 roku dzwony ufundowali państwo Maria i Bronisław Rybka. Chrzcielnica pochodzi z II poł. XVIII w. Obecnie parafia św. Marii Magdaleny należy do dekanatu bierzgłowskiego a jej terytorium ograniczają wsie: Biskupice i Brąchnowo.
Gruntowne renowacje kościoła przeprowadzono w 1924 r., 1967 r., w latach 1985-88 oraz w latach 2003-2005. Podczas ostatniego remontu została całkowicie wymieniona dachówka na dachu kościoła oraz uzupełniona więźba dachowa oraz zostały pomalowane ściany i strop kościoła, a także została położona nowa instalacja elektryczna i zakupiono nowy sprzęt nagłaśniający wraz z mikrofonami.
Znani są następujący proboszczowie parafii Biskupice w latach 1801-2006: ks. Michał Górnicki (1801-1840), ks. Jan Musolf (1840-1869), ks. Karol Kniffke (1869-1894), ks. Feliks Lisiński (1894-1909), ks. Edward Keister (1909-1941), ks. Zygmunt Szulc (1947-1984), ks. Jan Jakubiak (1985-1995), ks. Andrzej Lewandowski (1995-30 VI 2005), ks. Grzegorz Pszeniczny (2005-2020), ks. Wiktor Ostrowski (od 19 VII 2020)